| J | Date | Locaux | Score | Visiteurs | MT | Spect | >2.5 | MT | Re | Note | Arb. | |
| 1 | 15/08/2008 | Bayern Munich | 2 - 2 | Hamburger SV | 2-1 | 69 000 | Oui | 1 | N | 0 | 0 | |
| 2 | 23/08/2008 | Dortmund | 1 - 1 | Bayern Munich | 1-0 | 80 000 | Non | 1 | N | 0 | 0 | |
| 3 | 31/08/2008 | Bayern Munich | 4 - 1 | Hertha Berlin | 1-0 | 69 000 | Oui | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 4 | 13/09/2008 | FC Köln | 0 - 3 | Bayern Munich | 0-0 | 50 000 | Oui | N | 2 | 0 | 0 | |
| 5 | 20/09/2008 | Bayern Munich | 2 - 5 | Werder Bremen | 0-2 | 69 000 | Oui | 2 | 2 | 0 | 0 | |
| 6 | 27/09/2008 | Hannover 96 | 1 - 0 | Bayern Munich | 1-0 | 49 000 | Non | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 7 | 04/10/2008 | Bayern Munich | 3 - 3 | Bochum | 2-1 | 69 000 | Oui | 1 | N | 0 | 0 | |
| 8 | 18/10/2008 | Karlsruher SC | 0 - 1 | Bayern Munich | 0-0 | 29 699 | Non | N | 2 | 0 | 0 | |
| 9 | 25/10/2008 | Bayern Munich | 4 - 2 | Wolfsburg | 1-2 | 69 000 | Oui | 2 | 1 | 0 | 0 | |
| 10 | 29/10/2008 | Frankfurt | 1 - 2 | Bayern Munich | 0-0 | 51 500 | Oui | N | 2 | 0 | 0 | |
| 11 | 01/11/2008 | Bayern Munich | 3 - 1 | Bielefeld | 1-1 | 69 000 | Oui | N | 1 | 0 | 0 | |
| 12 | 09/11/2008 | Schalke 04 | 1 - 2 | Bayern Munich | 1-2 | 61 673 | Oui | 2 | 2 | 0 | 0 | |
| 13 | 15/11/2008 | Mönchengladbach | 2 - 2 | Bayern Munich | 0-1 | 54 067 | Oui | 2 | N | 0 | 0 | |
| 14 | 22/11/2008 | Bayern Munich | 4 - 1 | Energie Cottbus | 2-1 | 69 000 | Oui | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 15 | 29/11/2008 | Leverkusen | 0 - 2 | Bayern Munich | 0-0 | 19 200 | Non | N | 2 | 0 | 0 | |
| 16 | 05/12/2008 | Bayern Munich | 2 - 1 | Hoffenheim | 0-0 | 69 000 | Oui | N | 1 | 0 | 0 | |
| 17 | 13/12/2008 | Stuttgart | 2 - 2 | Bayern Munich | 1-0 | 55 896 | Oui | 1 | N | 0 | 0 | |
| 18 | 30/01/2009 | Hamburger SV | 1 - 0 | Bayern Munich | 1-0 | 57 000 | Non | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 19 | 08/02/2009 | Bayern Munich | 3 - 1 | Dortmund | 1-1 | 69 000 | Oui | N | 1 | 0 | 0 | |
| 20 | 14/02/2009 | Hertha Berlin | 2 - 1 | Bayern Munich | 1-0 | 74 400 | Oui | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 21 | 21/02/2009 | Bayern Munich | 1 - 2 | FC Köln | 0-2 | 69 000 | Oui | 2 | 2 | 0 | 0 | |
| 22 | 01/03/2009 | Werder Bremen | 0 - 0 | Bayern Munich | 0-0 | 42 100 | Non | N | N | 0 | 0 | |
| 23 | 07/03/2009 | Bayern Munich | 5 - 1 | Hannover 96 | 3-1 | 69 000 | Oui | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 24 | 14/03/2009 | Bochum | 0 - 3 | Bayern Munich | 0-1 | 31 328 | Oui | 2 | 2 | 0 | 0 | |
| 25 | 21/03/2009 | Bayern Munich | 1 - 0 | Karlsruher SC | 1-0 | 69 000 | Non | 1 | 1 | 0 | 0 | |
| 26 | 04/04/2009 | Wolfsburg | - | Bayern Munich | ||||||||
| 27 | 11/04/2009 | Bayern Munich | - | Frankfurt | ||||||||
| 28 | 18/04/2009 | Bielefeld | - | Bayern Munich | ||||||||
| 29 | 25/04/2009 | Bayern Munich | - | Schalke 04 | ||||||||
| 30 | 02/05/2009 | Bayern Munich | - | Mönchengladbach | ||||||||
| 31 | 09/05/2009 | Energie Cottbus | - | Bayern Munich | ||||||||
| 32 | 12/05/2009 | Bayern Munich | - | Leverkusen | ||||||||
| 33 | 16/05/2009 | Hoffenheim | - | Bayern Munich | ||||||||
| 34 | 23/05/2009 | Bayern Munich | - | Stuttgart |
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